登記等オンライン申請に電子署名が必要になります。個人では「公的個人認証サービス」と Adobe Acrobat を利用するのがいいでしょう。

Acrobat DC を利用

(価格 Pro 月額2,894円 、Standard 月額2,480円)
Acrobat Pro DC体験版7日間無料でも電子署名可能です。この設立登記以外に電子署名を利用する機会がない、PDFの編集等をしない場合は無料体験期間中に登記を終えて解約するのもありです。
PDF ファイルで電子署名を利用する方法 （Acrobat DC / Acrobat Reader DC）
Adobe の公式サポートにも解説があるので参考にしてください。

Acrobat のインストールが済んだら、登記・供託オンライン申請システムからPDF署名プラグインをダウンロード＆インストールします。
「インストールガイド」や「PDF署名プラグイン操作説明書」があるので迷ったら読んでみましょう。
SignedPDF セットアップ、「デフォルトで設定する署名方法を選択してください」で「公的個人認証ICカード（個人番号カード）を使用する」を選択してください。

Acrobat で PDF にした定款に電子署名する前に、印鑑の印影PDFファイルを作成します。
個人印鑑の印影を電子化します。印鑑を白紙に押印し、スキャナやスマホで画像ファイルにします。Paint などの画像編集ソフトで印影部分だけ切り取り、保存。ファイルを右クリックし「Adobe PDFに変換」で、印影PDFファイル作成できます。

Acrobat のメニュー「編集」＞「環境設定」＞「一般」の左側「署名」を選択します。「電子署名」＞「作成と表示方法」の「詳細」をクリック。デフォルトの署名方法を「SignedPDF」にして「OK」ボタン。

Acrobat のメニュー「編集」＞「環境設定」＞「SignedPDF」から
「署名時の既定値」をクリック。名前、署名地（住所）を入力。理由は「私はこの文書の作者です。」を選択。
「PDF印影情報」＞「印影PDFファイルパス」にさきほど作成した印影PDFファイルを参照。

法務局へ提出する電子定款を作成

定款ファイルを開き、「印刷」をクリックし、プリンタに「Adobe PDF」を選択します。変換された PDF ファイルを「 Acrobat 」で開きます。「 Acrobat Reader 」ではありません。「ツール」＞「フォームと署名」＞「証明書」をクリックすると上部に証明書メニューバーが表示されます。「電子署名」をクリックし、印鑑を押す場所に署名フィールドを作成。「電子署名を行います。よろしいですか。」と表示されるのでICカード、ICカードリーダーがセットされているのを確認し、「はい」をクリック。

先ほど設定していた既定値が表示されます。パスワードにはマイナンバーカードの署名用電子証明書暗証番号を入力してください。英字は大文字です。署名されたPDFファイルを提出しますので分かりやすい名前を付けて保存。「この製品では、検証はできません」という注意がでてきますが、これは無視してかまいません。

その他、提出するファイルは全て同様の手順で電子署名済みPDFファイルにします。

文書中の半角スペースや UTF-8 コード NFD、NFC 問題にも気を付けましょう。